Am 01. Januar 2009 wurde der Gesundheitsfonds zur Finanzierung der gesetzlichen Krankenkassen eingeführt. Ziel war es die Verwaltung des Gesundheitssystems möglichst effizient zu gestalten und Gelder gerecht zu verteilen.
Der Gesundheitsfonds wird zum einen aus den Beitragseinnahmen der gesetzlichen Krankenversicherungen finanziert, die zu hundert Prozent von den Krankenkassen abgeführt werden. Außerdem wird der Topf durch einen Bundeszuschuss aus Steuergeldern finanziert. Vorgesehen ist ein jährlicher Zuschuss von 14 Milliarden Euro. Das entsprach 2014 rund acht Prozent des Ausgabenvolumens der gesetzlichen Krankenkassen. 2015 konnte der Bund lediglich 11,5 Milliarden Euro überweisen. 2016 betrug der Bundeszuschuss wieder 14 Milliarden Euro und ist für 2017 auf 14,5 Milliarden Euro festgesetzt.
Aus den Beitragszahlungen der gesetzlichen Krankenkassen und dem Bundeszuschuss wird die Krankenversorgung der versicherten Personen gedeckt. Pro versicherter Person wird ein fester Betrag plus Risikozuschlag an die Krankenkassen zurück geführt. Der Betrag wird aus bestimmten Merkmalen, wie Alter, Geschlecht und Krankheitsbildern errechnet. Dadurch ergibt sich der sogenannte „Risikostrukturausgleich„, der als Umteilungsverfahren die Finanzierung gerecht regeln soll. Krankenkassen erhalten zusätzliche Mittel für ältere Versicherte und Personen, die an bestimmten Krankheiten leiden.
Zum Startzeitpunkt deckte der Gesundheitsfonds sämtliche Ausgaben der gesetzlichen Krankenversicherung. Langfristig konnte die vollständige Finanzierung der Krankenversorgung aus Mitteln des Gesundheitsfonds nicht garantiert werden, weshalb die gesetzlichen Krankenkassen einen Zusatzbeitrag erheben dürfen. Allerdings müssen mindestens 95 Prozent der Ausgaben weiterhin durch Mittel aus dem Gesundheitsfonds gedeckt werden. Maximal 5 Prozent dürfen durch den Zusatzbeitrag finanziert werden. Der Zusatzbeitrag wird direkt an die Krankenkassen abgeführt.
Diese neue Form der Finanzierung der gesetzlichen Krankenkassen ist ein Kompromissvorschlag des Bundesministeriums für Finanzen (BMF), der aus den unterschiedlichen Konzepten der Union und der SPD entstand. Die Einführung des Gesundheitsfonds verfolgt primär drei Ziele. Durch die zentrale Verwaltung der Steuer- und Beitragsgelder soll eine gerechte Verteilung erreicht werden. Zudem wird der Wettbewerb zwischen den gesetzlichen Krankenkassen durch einheitliche Beitragssätze angeregt, da es somit zu einem stärkeren Vergleich von Leistungen und Service durch die Versicherten kommt. Ein drittes Ziel des Gesundheitsfonds ist eine transparente Verwaltung der finanziellen Mittel. Die Finanzierung der privaten Krankenversicherung bleibt von der Einführung des Gesundheitsfonds völlig unberührt.